藤原惺窝和林罗山在继承朱子之学的同时也都十分注重朱子学的伦理学方面，即“五伦”“五常”。林罗山尤其注重“大义名分”，一方面他仿照朱熹的《资治通鉴纲目》撰写了《本朝编年》，以“名分论”解释和叙述历史；另一方面他又主张在现实中实施“正名分”，以维护社会统治的稳定。他曾说：“上下定分而君有君道，父有父道，为臣而忠，为子而孝，其尊卑贵贱之位，古今不可乱，谓之天下察也。”[7]又说：“上下不违，贵贱不乱，则人伦正，人伦正则国家治，国家治则王道成，此礼之盛也。”[8]以此论证了江户时代武士本位的社会等级身份制度的合理性，成为直接为幕府统治服务的重要思想。同时根据这种重视上下尊卑的大义名分理论，林罗山还得出了以“忠”为本、忠大于孝的伦理观，架起了儒学与武士道之间的一道思想桥梁。
藤原惺窝和林罗山在确立日本朱子学的同时还提出了“神儒一体”的观点。藤原惺窝曾说：“日本之神道以正我心、怜万民、施慈悲为奥秘，尧舜之道亦以此为奥秘也。唐土曰儒道，日本曰神道，名变而心一也。”[9]林罗山也认为神道和儒学二者“固无差等”，同时他还著有《本朝神社考》《神道传授》等著作，力图用儒学理论来说明和论证神道，鼓吹日本神国。他曾说：“我朝神国也，神道乃王道也”；又说“神道即理”，认为“心清明，神之光也。行迹正，神之姿也。政行，神之德也。国治，神之力也”。[10]他将自己这种神儒合一的神道称为“理当心地之神道”。藤原惺窝和林罗山的这些观点，充实了日本神道的理论基础，开辟了神儒结合的道路，是后来武士道和军国主义的重要理论渊源之一。