白莲教在元末立下的功绩，并不能改变它作为“异端”、“邪教”的命运。明代统治者对它深恶痛绝，查禁的法令载诸律例，见诸行动，在明代277年的封建专制统治之下，白莲教的活动始终遭受禁绝和镇压。但是它却为下层民众所热衷，对明代的统治造成一次又一次的严重威胁。
处于成熟与发展时期的明代白莲教有以下特点：首先，明代白莲教的教义在各教派的相互融合过程中有所丰富和发展，比前代具有更为鲜明的叛逆思想。白莲教教义的内容繁杂，除弥勒降世说外还有劫灾说、劫变说、三际思想等，它深受统治阶级所谓正统宗教和神学的影响，反映了下层劳动人民质朴的愿望。明朝中叶以后，白莲教的思想信仰中又注入了新的内容，它吸取了罗教“真空家乡、无生父母”的观念，奉无生老母为创世主和救世主。这种观念认为，人的一生就是沦落红尘经历各种苦难和折磨的过程，这一过程是短暂的，人们一旦接受了无生老母的召唤和拯救，身陷苦难的人们便可以返回真空家乡，得到永生。它主张人们离弃现实中的一切，而去追求一个永生的彼岸世界。这一信仰的本质是用宗教关系代替人与人之间的血缘亲属关系和阶级从属关系，从而否定现实世界以及现实生活中的封建纲常观念，否定了统治阶级的正统地位。这就为白莲教的教义中注入了更为强烈的叛逆思想，使之具有更鲜明的反社会、反秩序的特点。“真空家乡，无生父母”八字真诀中包含的“离乡轻家”的思想，是明中叶以后政治腐败、经济危机致使大批流民、饥民背井离乡、四处流浪的产物。同时，它也为那些鄙弃尘世而追求新的组合的人们树立了信心。在这种思想的促动下，人们摆脱封建宗法统治的束缚，投入到来自不同地区、不同家庭的人们组成的新的集体之中追求光明，从根本上破坏了封建统治秩序，动摇了封建统治的社会基础。